Когда возникает кризисная ситуация, несколько солдат превосходят уровень Джилл Валентайн. Она умело пользуется разными видами огнестрельного оружия, мастер по взлому, и умело обезвреживает взрывчатку. Таланты Джилл делают её составным компонентом любой боевой силы. Как и Крис Редфилд, Джилл была членом S.T.A.R.S. команды Альфа. Она также была вовлечена в трагедию в Арклейском научно-исследовательском центре (также извесная как "Инцидент в Особняке"). Во время инцидента, Джилл и Крис действовали самостоятельно, но вместе открыли правду, которую скрывала база. Они узнали, что Барри Бертон не был настоящим предателем, а им управлял Вескер, капитан команды Альфа. Помимо махинаций Вескера, они также узнали, что источник появления зомби был Т-вирус, и эта Umbrella была больше, чем просто обыкновенная фармацевтическая компания.
То, что Джилл узнала в Арклейском научно-исследовательском центре, будет иметь сложные последствия для остальной части ее жизни. После их возвращения из особняка, Крис и Джилл пытались сообщить властям о деятельности Umbrella. Несмотря на ихние добрые намерения, никто не начал никаких официальных расследований в компании. Сыты по горло отсутствием ответа, эти двое взяли на себя расследование Umbrella. Они сконцентрировали свои усилия на главной базе Umbrella в Европе. Как член S.T.A.R.S., которому доверили защищать Raccoon City, Джилл выбрала оставаться в городе и исследовать научно-исследовательский центр Umbrella там прежде чем встретится с Крисом в Европе.
Это решение привело её к причастности к инциденту в Raccoon City. Во время её расследования, крысы, зараженные T-вирусом из Арклейского научно-исследовательского центра начали распространять вирус по городу. Вирус быстро распространялся, заражая большинство жителей. Umbrella, виновники этого инцидента, отреагировали быстро. Umbrella послала Службу Противодействия Биологической Опасности Umbrella (U.B.C.S). чтобы взять ситуацию под контроль, и они также послали биооружие T-типа Немезиду, чтобы убрать любых выживших членов S.T.A.R.S., которых Umbrella теперь считает угрозой. Джилл попыталась сбежать из Raccoon City и от все время охотившегося T-типа Немезиду. В это время она столкнулась с членом команды U.B.C.S., Карлосом Оливеира.
Карлос утверждал, что его команда проводит спасательную миссию, чтобы спасти любых оставшихся в живых в Raccoon City. Не имея никакой причины сомневаться в этой цели миссии, он предложил помочь Джилл спастись. Джилл, с другой стороны, сомневалась. Однако, ситуация достигла критических размера, и у Джилл не было времени для сомнений. Американское правительство планировало остановить распространение вируса, запустив специальную ракетную на город, которая называлась Операция: Бацилла Уничтожена. Когда Джилл заразилась T-вирусом из-за T-типа Немезиды, она отчаилась когда-либо выбраться живой. К счастью для нее, Карлос помог ей. Карлос получил лекарство от инфекции T-вируса и дал её Джилл. После ее восстановления, она работала с Карлосом, и они успешно сбежали из Raccoon City.
В 2003, после Операции: T-A.L.O.S., Джилл и Крис стали двумя из оригинальных одиннадцати основателей B.S.A.A., и присоединились к ним в их борьбе против биооружия и биотерроризма во всем мире. Крис и Джилл остановили биооружие в Азии, разрушили лаборатории биооружия в Южной Америке, арестовали контрабандистов в Европе, и патрулировали мир в попытке уничтожить все биооружие. На всем протяжении их операций, они, возможно, подозревали участие Umbrella, но у них никогда не было никаких прямых доказательств.
----Спойлер----
Оказывается это участие связано с основателем Umbrella, Озвелл И. Спенсер. Двое получили информацию о местонахождении Спенсера и отправились, чтобы арестовать его только, чтобы найти их прежнего Капитана и ненавистного врага, Альберта Вескера. Видя труп Спенсера на полу, эти двое изменили планы, взамен арестовать Вескера. В бою двое против одного, Крис и Джилл должны были иметь преимущество, но сила Вескера и ловкость были лучше, чем у любого нормального человека. Несмотря на их тренировки, Джилл и Крис не могли тягаться с Вескером. Когда Вескер собирался убить Криса, Джилл принесла себя в жертву. Бросившись на Вескера, она вытолкнула его в окно и упала вместе с ним. Крис не смог ничего сделать, а смотрел, как его напарница падает.
B.S.A.A. начали крупномасштабную поисковую операцию, но ни тело Джилл, ни любой из ее личных вещей не нашли. 23 ноября 2006, Джилл Валентайн была официально признана мертвой, и ее имя было добавлено в список членов B.S.A.A., которые умерли при исполнении служебных обязанностей. Но история Джилл не заканчилась на этом. При падении выжили Джилл и Вескер. Несмотря на сильные раны и находясь без сознания, Джилл была спасена Вескером. После предоставления ей лечение, которого она требовала, он ввел ее в криогенный сон. Как только План Уроборос был завершен, Вескер намеревался использовать ее как первый испытуемый объект. Это был способ Вескера добиться его мести.
К счастью для Джилл, удача была на ее стороне. Аппарат, контролирующий ее жизненные признаки обнаружил некоторые отклонения. Кое-что случалось в теле Джилл, и Вескеру стало любопытно. Дальнейшее исследование показало, что видоизмененный T-вируса был все еще в ее теле. Это был остаток от инфекции в Raccoon City. Лекарство, которое ей дали, должно было уничтожить все следы вируса в ее теле, но вместо этого оно ввело вирус состояние покоя. Ее длительный период в криогенном сне так или иначе оживлял вирус. Вскоре после будучи оживленной T-вирус полностью исчез из ее тела, но это оставило что-то еще. Вескер нашел, что тело Джилл теперь содержало мощные антитела к вирусу.
Все те годы T-вирус был в её теле, заставив его разработать систему защиты, которая не была ничем если не чудесной. Это открытие поможет в дальнейших целях Вескера. Разработка Вируса Уроборос, центральный элемент Плана Уроборос, оказалась весьма трудной. Вирус Уроборос, разработанный на основе цветка Прародителя, оказался слишком ядовитым для людей. Вместо того, чтобы ускорить следующий шаг в человеческой эволюции, это только вызвало смерть. Вескер строил теории, что использование антител Джилл могло сделать вирус менее ядовитым. Он поддерживал Джилл исключительно, чтобы произвести антитела для его исследования.
Джилл, которая гневно осуждало биооружие и посвятила свою жизнь его уничтожению, иронически использовалась, чтобы разработать самое ужасное биооружие для всех. После многих исследований и экспериментирований, Вескер наконец усовершенствовал Вирус Уроборос. Участие Джилл в его разработке означало, что она больше не была подходящим испытуемым объектом. Чистые и настоящие антитела с высоким сопротивлением вирусу пропитали её тело. Вескер решил, что он найдет подходящее использование для нее в другом месте. В течение исследования вируса Прародителя, был обнаружен дополнительный химикат. Исследователи называли его просто – P30. Когда ввели в испытуемых, он не только дал им сверхчеловеческую силу, но также оказались очень поддаються контролю.
P30 был абсолютным веществом, увеличивающий продуктивность. Цели Плана Уроборос состояли в том, чтобы создать новое поколение людей, так что, применение P30 в этом плане было несуществено. Однако, в настоящее время его можно выставить на продажу как продукт и собирать добавочный капитал. Исследование по созданию идеального солдата, который не сопротивлялся приказам, было осуществлено одновременно на Las Plagas и P30. К сожалению, последний имел серьезный недостаток. Действие P30 длилось в течение очень короткого времени. Инъекция P30 была метаболизирована и удалена телом быстрой дозой, требующей введения препарата через короткие интервалы. Это очень уменьшило эффективность такого продукта как долгосрочный ген-усилитель. Единственным решением было прикрепить прибор к испытуемому, который будет непрерывно вводить этот припарат.
Хотя действие P30 было коротким, это был все еще мощный и эффективный препарат. Действие непрерывного введения были непроверено, итак, чтобы исследовать это свойство далее, устройство введения было присоединено к Джилл. Внешнее устройство было присоединено к груди Джилл, которое будет непрерывно вводить препарат в её тело. Постояно подавляя её свободу воли, она оставалась слугой Экселлы и Вескера пока Крис и Шева не сломали устройство введения.
